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玉米秸秆处理中的化学方法，则能够实现对玉米秸秆的化学成分进行处理，提高其消化率以及营养价值，但是一般会有较大的污染，成本消耗也比较高，也无法进行有效推广。常用的化学处理方法有碱化处理、酸化处理以及药剂处理，在进行氨化处理时，甚至会出现引发家畜，得不偿失。化学处理对设备的要求比较高，对环境的污染比较大，也是化学处理的较严重的缺陷。

尽管单独加入酶或菌时都可以降解并转化秸秆中的纤维素成分，从而提高秸秆的利用价值，但都存在或多或少的不足，如果利用酶和菌之间的互相作用协同处理秸秆则能够取得更佳的效果。陈合等（2008）采用黄孢原毛平革菌结合外源纤维素酶和木聚糖酶共同降解玉米秸秆，显著提高了其还原糖含量。李新社等（2011） 已利用纤维素酶和康宁木霉菌共处理玉米秸秆将其转化为可发酵糖，并从玉米秸秆降解物中获得了4.852g/L 的还原糖。菌酶共降解工艺为利用秸秆提供了一种新的研究方法，现已立足于玉米秸秆的生物发酵领域并成为其中的一个研究热点。

挖窖选择土质坚实，地势高燥，背风向阳，雨水不易冲淹的地方建造青贮窖。窖形一般有圆形与长方形之分，窖壁平直光滑，不透水，不透气。窖的宽度一般应小于深度，较好的比例是1：1．5-2，利于原料本身重量将其压实，并能降低损耗量。窖的大小应根据青贮数量及养畜头数来决定，圆形的一般直径在1．7-3米之间，深度以3- 4米为宜，底部要呈锅底形。规模养畜场宜采用长方形窖，宽度在1．7-3米之间，深度以2．3-3．3米为宜，长度随青贮数量而定。长方形窖的边角应呈圆形，以利原料的下降和压实。为减少青贮料的损失，窖底和四周应铺一层塑料薄膜。